|
Задача выявления генов изменивших свою экспрессию вследствие некоего воздействия либо в течение клеточного цикла очень важна, т.к. позволяет выявить например последствия приема того или иного лекарства или отобрать гены с отличающимся поведением для последующего анализа. Перед тем как начинать строить зависимости между генами необходимо отобрать те из них, которые нас интересуют, а именно гены, изменившие свою экспрессию. Т.к. работать с целым списком (обычно порядка 40000 клонов) слишком трудоемко и к тому же бессмысленно. Опишем те методы, которые были реализованы в плагине и использовались для анализа.
Напомним, что исходными данными являются матрицы значений экспрессии генов:
Строка соответствует отдельной пробе (гену, либо его участку).
 - экспрессия i-той пробы в условиях эксперимента j. Основными типами данных являются повременные замеры экспрессии ( - экспрессия в момент времени  ) и замеры у разных пациентов ( - экспрессия у j-того пациента).
Задача ставится следующим образом: необходимо выделить из общей группы те пробы, которые значимо изменили свою экспрессию либо с течением клеточного цикла, либо в результате воздействия на пациентов. Часто данные представляют собой отношение экспрессии объекта у пациента к экспрессии данного объекта в норме.
В этом случае задача сводится к выявлению того, насколько значимо отклоняется от единицы в ту или иную сторону.
В противном случае приходится сравнивать экспрессию пробы в исследуемой ткани с экспрессией у некоторой контрольной группы, например в качестве этой группы может браться экспрессия той же пробы, но в нулевой момент времени. В этом случае необходимо сравнить насколько значимо различаются данные нам значения и  .
Решать эту задачу будем с точки зрения статистического подхода. При этом проба рассматривается как случайная величина.
Замер экспрессии у j-того пациента, соответственно - реализация случайной величины.
В случае повременных замеров имеем случайный процесс:
Таким образом, мы имеем в качестве исходных данных выборки для некоторых случайных величин с неизвестным распределением. Требуется либо сравнить значения в выборке с некоторым фиксированным значением
(
либо сравнить экспрессию в норме и патологии, при этом нужно иметь несколько реализаций объекта в норме для успешного статистического анализа. Т.е. здесь сравниваются две выборки, и оценивается различие между ними. Рассмотрим некоторые стандартные методы, которые могут применяться к этой задаче.
Перейти на страницу: 1 2 3 4
|
На каком основании людей избирают лидерами, либо позволяют им становиться таковыми? Для объяснения этого явления был разработан ряд теорий, однако последние исследования сосредоточены на так называемых имплицитных теориях лидерства.
Для успешной работы фирмы на рынке необходимо не только определиться с целями, но и понять, как их можно достичь. Для этого надо очень хорошо изучить своего потребителя, а может, даже и создать новый тип потребителя.
Прежде всего менеджеру необходимо определить какой вид карьеры он предпочитает. Это и определит его стратегию. Если он менеджер знает, какое положение хочет занять через пять или даже десять лет, то можно определить направление действий и составить задачи, которых необходимо достичь.