Программная реализация

В ходе работы на языке программирования Java был написан плагин к бесплатно распространяющейся системе формального описания и симуляции сложных биологических систем BioUML (<http://www.biouml.org/>). Плагин представляет собой встроенную в BioUML программу по анализу данных микрочиповых экспериментов. Для начала работы необходимо импортировать микрочиповую таблицу в BioUML (папка microarray) , далее запустить плагин, выбрать вид анализа, задать все необходимые (для каждого метода анализа свои) параметры. Результат в виде таблицы вычисленных параметров (скор, коэффициенты модели ит.п.) также доступен к просмотру в BioUML (папка microarray results). Плагин разработан с возможностью легко добавлять новые методы анализа, список которых со временем пополняется. Ниже перечислены все доступные на данный момент методы анализа:

- Анализ с помощью статистики Стьюдента.

- Анализ с помощью статистики Вилкоксона

- Анализ с помощью теста Лемана-Розенблатта.

- Анализ с помощью теста Колмогорова-Смирнова.

- Гипергеометрический тест.

- Мета анализ с помощью гипергеометрического теста.

- Анализ с помощью множественной регрессии.

- Построение линейной модели регуляции.

- Построение стохастической модели регуляции.

Программа имеет унифицированный для всех методов анализа пользовательский интерфейс, представленный на рисунке в приложении 1. Слева вверху находится выпадающий список для переключения между различными методами. Ниже находится окно с набором параметров (своим для каждого метода). Справа - описание текущего метода анализа. Под окном параметров - полоса прогресса, отражающая степень законченности анализа. Под ней динамически выводится информация о начале нового анализа, о возникших в процессе ошибках, либо успешном завершении анализа. Справа под описанием выводится java-script код для данного метода с текущими параметрами. Все методы также допускают запуск напрямую через консоль BioUML с помощью java-script кода.

Кроме того, плагин позволяет проводить корреляционный анализ данных, а так же пересекать таблицы данных. Доступны левое, правое, включающее и исключающее пересечения.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Реконструкция генных сетей на основе микрочиповых данных - глобальная и сложная задача, на данный момент не существует однозначных методов ее решения. Возможным подходом является комбинирование различных моделей, однако решать какая модель адекватнее можно только исходя из биологических или эксперементальных соображений. В данной работе рассматриваются методы, включающие статистический анализ микрочиповых таблиц и модели регуляции с помощью дифференциальных уравнений. Статистический метод разработан специально для анализа данных микрочиповых экспериментов и уже зарекомендовал себя, как достаточно надежный. В качестве моделей регуляции рассмотрена самая простая линейная модель с задержкой и взятая из литературы стохастическая. Модели регуляции рассмотрены исключительно с математической точки зрения, конечно для полноценного анализа необходимо также привлечение биологии.

Основные результаты

. Рассмотрены стандартные статистические методы, применительно к данной задаче. Предложен гипергеометрический алгоритм, разработанный специально для анализа микрочиповых экспериментов.

2. Рассмотрены модели регуляции генной экспрессии, предложена простая линейная модель, исследованы варианты реализации модели - различные методы сглаживания дискретных профилей.

. Проведен анализ конкретных данных с помощью предложенных методов.

. Все описанные методы реализованы в программу для анализа данных микрочиповых экспериментов, которая встроена в систему BioUML.

ПРИЛОЖЕНИЕ 1

ПРИЛОЖЕНИЕ 2

Ниже приведены графики для построенных линейной и стохастической моделей. Отобраны 6 лучших приближений профиля экспрессии среди всех построенных с помощью линейной модели, для этих случаев построены приближения стохастическим алгоритмом.

Везде ниже на графиках, если не указано иное:

Перейти на страницу:
1 2

 

Как стать лидером

На каком основании людей избирают лидерами, либо позволяют им становиться таковыми? Для объяснения этого явления был разработан ряд теорий, однако последние исследования сосредоточены на так называемых имплицитных теориях лидерства.

Анализ потребителей

Для успешной работы фирмы на рынке необходимо не только определиться с целями, но и понять, как их можно достичь. Для этого надо очень хорошо изучить своего потребителя, а может, даже и создать новый тип потребителя.

Выбор карьеры

Прежде всего менеджеру необходимо определить какой вид карьеры он предпочитает. Это и определит его стратегию. Если он менеджер знает, какое положение хочет занять через пять или даже десять лет, то можно определить направление действий и составить задачи, которых необходимо достичь.